JCRE позволяет разделить собственно апплеты и конкретную реализацию смарт-карты. Таким образом поддерживается главная идея Java – переносимость. Собственные методы смарт-карты (так называемый native code) поддерживают низкоуровневую передачу данных, управление памятью, криптографию и т.п.

Системные классы  отвечают за управление транзакциями, за взаимодействие апплета и пользовательского приложения, а также за создание, запуск и остановку апплета.

Java Card API включает в себя базовый пакет и расширения. Расширения могут включать в себя специфические пакеты для конкретных вертикальных рынков.

Инсталлятор, во взаимодействии с программой инсталляции вне карты обеспечивает безопасную загрузку программ  (апплетов). Инсталлятор может и отсутствовать. В этом случае все программное обеспечение записывается в память карты в процессе ее изготовления.

Жизненный цикл JCRE

На рабочей станции виртуальная машина Java выполняется как обычный процесс операционной системы. Данные и объекты создаются в памяти общего доступа. Как только процесс прерывается, Java приложение и все созданные объекты автоматически уничтожаются.
Виртуальная машина Java Card выполняется внутри JCRE. Инициализация JCRE происходит один раз в течении жизни карты. Это происходит в момент инициализации карты. При инсталляции апплета JCRE создает экземпляр этого объекта, а далее уже сам апплет создает нужные ему объекты.